Le vaccin pneumococcique conjugué, introduit en 2000, a permis de réduire les maladies pneumococciques invasives à l'échelle mondiale, mais a suscité des inquiétudes quant à l'émergence de sérotypes non vaccinaux. L'estimation de la diversité des sérotypes est difficile en raison des sérotypes non observés ou non circulants, ce qui gonfle le nombre de zéros dans les données. Inspirés par les modèles écologiques, nous avons développé un modèle d'occupation de Poisson avec un excès de zéros pour estimer les probabilités de détection et la dynamique de l'abondance des sérotypes au fil du temps. Par une approche bayésienne, nous avons analysé des données provenant de sites vaccinés (Massachusetts, Nijmegen, Southampton) et non vaccinés (Thaïlande-Myanmar). Les résultats montrent une diminution de l'abondance des sérotypes vaccinaux dans les zones vaccinées en raison de l'augmentation de l'immunisation. Les simulations valident le modèle, avec des recommandations pour la sélection des paramètres.