Les prédictions basées sur le génotype utilisées dans les programmes de sélection sont principalement construites à partir d'associations entre les variantes génétiques et les phénotypes cibles. Bien qu'utile, cette approche est fondamentalement limitée par le faible nombre d'échantillons (génotypes individuels) mesurés, de l'ordre de quelques centaines à quelques milliers, par rapport au nombre de prédicteurs (variants génétiques dans leurs génomes) qui est de l'ordre de quelques millions. Pour surmonter cette limitation, nous nous concentrons sur l'utilisation de stratégies alternatives pour contextualiser et interpréter la variation génétique à haute résolution. Ces stratégies incluent le développement de modèles de processus biologiques basés sur les séquences, tels que l'expression des gènes et la fonctionnalité des protéines. Dans cet exposé, je mettrai en évidence notre utilisation de la modélisation à l'intersection de la génomique et de l'agriculture, puis je me concentrerai sur nos efforts pour développer et intégrer ces modèles dans les approches de prédiction des caractères.