Utilisation de bioconducteurs pour données à haut débit

31 mai 2009
Vancouver, BC

Robert Gentleman, Fred Hutchinson Cancer Research Center Herbold Computational Biology Program.

Cet atelier de travail comprendra deux sujets différents et les participants devront amener leur propre ordinateur portable avec R et Bioconductor installés (des details ulterieurs seront envoyés aux participants). L’inscription à la partie travaux pratiques de l’atelier de travail sera limitée.

Résumé du matin

Nous allons considérer les deux approches principales pour trouver des groupes fonctionnels de gènes. Une approche est basée sur l’identification de gènes différemment exprimés suivie par l’utilisation de tests hypergéometriques pour identifier une sur-représentation de groupes différents. La seconde approche est appelée Analyse d’Enrichissement d’un Ensemble de Gènes (GSEA en anglais), elle utilise tous les gènes (après un filtrage élèmentaire) et une analyse de type régression pour identifier des ensembles pré-définis de gènes dont les membres montrent une variation systématique par rapport au comportement attendu.

Résumé de l’après-midi

Nous allons donner une brève introduction sur les données provenant de technologies de séquençage à ultra-hautes definition (Solexa, 454, Solid). Les connaissances de base sur l’évaluation de qualité seront couvertes. Une introduction sur l’indentification des sites de fixation des facteurs de transcription (par ChIP-seq) sera donnée. Des connaissances de bases sur la représentation, les intéractions avec des logiciels de recherches génomiques seront également dispensées.