Case-Control Genome-Wide Association Study of Rolandic Epilepsy Suggests Role of Neuronal Signalling Loci
Introduction:
Rolandic epilepsy (RE) is a common childhood epilepsy that remains underrepresented in large-scale genomic studies. To address this gap, we conducted a case-control genome-wide association study (GWAS) to find single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with RE.
Methods:
We employed a generalized linear mixed model, adjusting for sex, genotyping batch, and the leading principal components (PCs) of ancestry. Using weighted PC-distance, we matched each case to five epilepsy-free controls from the Spit for Science initiative.
Results:
Single-variant testing in 333 cases and 1,665 controls (3,784,849 SNPs) identified suggestive signals (5×10⁻⁸ < p < 1×10⁻⁵) in NRXN3 and FAM155A. NRXN3 is a plausible epilepsy candidate (supported by prior evidence for NRXN1/2), and FAM155A encodes a component of the NALCN protein complex regulating membrane potential.
Conclusion:
This GWAS supports a genetic contribution to RE and identifies promising loci requiring replication.
Rolandic epilepsy (RE) is a common childhood epilepsy that remains underrepresented in large-scale genomic studies. To address this gap, we conducted a case-control genome-wide association study (GWAS) to find single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with RE.
Methods:
We employed a generalized linear mixed model, adjusting for sex, genotyping batch, and the leading principal components (PCs) of ancestry. Using weighted PC-distance, we matched each case to five epilepsy-free controls from the Spit for Science initiative.
Results:
Single-variant testing in 333 cases and 1,665 controls (3,784,849 SNPs) identified suggestive signals (5×10⁻⁸ < p < 1×10⁻⁵) in NRXN3 and FAM155A. NRXN3 is a plausible epilepsy candidate (supported by prior evidence for NRXN1/2), and FAM155A encodes a component of the NALCN protein complex regulating membrane potential.
Conclusion:
This GWAS supports a genetic contribution to RE and identifies promising loci requiring replication.
Une étude d'association pangénomique cas-témoins sur l'épilepsie rolandique suggère l’implication des loci de signalisation neuronale
Introduction :
L'épilepsie rolandique (ER) est une épilepsie infantile courante qui reste sous-représentée dans les études génomiques à grande échelle. Afin de combler cette lacune, nous avons mené une étude d'association pangénomique (GWAS) cas-témoins afin d'identifier les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) associés à l'ER.
Méthodes :
Nous avons utilisé un modèle linéaire généralisé mixte, en ajustant pour le sexe, le lot de génotypage et les importantes composantes principales (PC) de l'ascendance. À l'aide de la distance des PC pondérée, nous avons apparié chaque cas à cinq témoins sans épilepsie provenant de l'initiative Spit for Science.
Résultats :
Des tests à variante unique sur 333 cas et 1 665 témoins (3 784 849 SNP) ont permis de déterminer des signaux suggestifs (5×10⁻⁸ < p < 1×10⁻⁵) dans NRXN3 et FAM155A. NRXN3 est un candidat plausible pour l'épilepsie (soutenu par des preuves antérieures pour NRXN1/2), et FAM155A code un composant du complexe protéique NALCN qui régule le potentiel membranaire.
Conclusion :
Cette étude GWAS soutient une contribution génétique à l'ER et découvre des loci prometteurs nécessitant une réplication.
L'épilepsie rolandique (ER) est une épilepsie infantile courante qui reste sous-représentée dans les études génomiques à grande échelle. Afin de combler cette lacune, nous avons mené une étude d'association pangénomique (GWAS) cas-témoins afin d'identifier les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) associés à l'ER.
Méthodes :
Nous avons utilisé un modèle linéaire généralisé mixte, en ajustant pour le sexe, le lot de génotypage et les importantes composantes principales (PC) de l'ascendance. À l'aide de la distance des PC pondérée, nous avons apparié chaque cas à cinq témoins sans épilepsie provenant de l'initiative Spit for Science.
Résultats :
Des tests à variante unique sur 333 cas et 1 665 témoins (3 784 849 SNP) ont permis de déterminer des signaux suggestifs (5×10⁻⁸ < p < 1×10⁻⁵) dans NRXN3 et FAM155A. NRXN3 est un candidat plausible pour l'épilepsie (soutenu par des preuves antérieures pour NRXN1/2), et FAM155A code un composant du complexe protéique NALCN qui régule le potentiel membranaire.
Conclusion :
Cette étude GWAS soutient une contribution génétique à l'ER et découvre des loci prometteurs nécessitant une réplication.
Date and Time
-
Langue de la présentation orale
Anglais
Langue des supports visuels
Anglais