A Test for Exchangeability in Timed Phylogenies
Coalescent theory is widely used as a framework for understanding patterns of ancestry and for interpreting sequence data, through the lens of phylogenetic trees (or phylogenies). In phylodynamics, its mathematical description of neutral patterns of ancestry underlies the priors used in inference of past population dynamics. Exchangeability refers to the property that each pair of lineages is equally likely to coalesce, as we move back in time from the present to the past, starting from a set of taxa. Forward in time, exchangeability means that each lineage in a genealogy is equally likely to branch, or speciate, next. In this talk we introduce a statistical test that measures departures from exchangeability in timed phylogenies. We explore how this test performs on simulated genealogies and on phylogenies from data. Finally, we discuss some mechanisms that can cause non-exchangeable patterns, and how this test can help to identify which ones are consistent with a tree.
Un test d'échangeabilité dans les phylogénies temporelles
La théorie du coalescent est largement utilisée comme cadre pour comprendre les modèles d'ascendance et pour interpréter les données de séquence à l'aide d'arbres phylogénétiques (ou phylogénies). En phylodynamique, sa description mathématique des modèles neutres d'ascendance sous-tend les a priori employés dans l'inférence de la dynamique passée des populations. L'échangeabilité fait référence à la propriété selon laquelle chaque paire de lignées a la même probabilité de fusionner, à mesure que l'on remonte dans le temps, du présent vers le passé, à partir d'un ensemble de taxons. En avançant dans le temps, l'échangeabilité signifie que chaque lignée d'une généalogie a la même probabilité de se ramifier, ou de se spécialiser, par la suite. Dans cet exposé, nous présentons un test statistique qui mesure les écarts par rapport à l'échangeabilité dans les phylogénies temporelles. Nous étudions les performances de ce test sur des généalogies simulées et sur des phylogénies issues de données. Nous discutons de certains mécanismes qui peuvent causer des modèles non échangeables et de la façon dont ce test peut aider à identifier ceux qui sont cohérents avec un arbre.
Date and Time
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Langue de la présentation orale
Anglais
Langue des supports visuels
Anglais