Discrete Models for DNA-RNA Complexes
R-loops are three-stranded structures formed by a DNA-RNA hybrid and a single strand of DNA, often appearing during transcription. Experimental works show that R-loops can threaten genome integrity, while also playing regulatory roles in biological processes. Despite an increasing interest in R-loops from biologists, there are few mathematical studies addressing R-loop structure and formation. In this talk, we introduce a model for R-loops based on formal grammars, that are systems to generate words widely applied in molecular biology. We then discuss approaches to develop a probabilistic model for R-loop prediction and a lattice polymer model to study R-loop geometry and topology.
Modèles discrets pour les complexes ADN-ARN
Les boucles R sont des structures à trois brins formées par un hybride ADN-ARN et un simple brin d'ADN, qui apparaissent souvent au cours de la transcription. Des travaux expérimentaux montrent que les boucles R peuvent menacer l'intégrité du génome, tout en jouant un rôle régulateur dans les processus biologiques. Malgré l'intérêt croissant des biologistes pour les boucles R, peu d'études mathématiques traitent de leur structure et de leur formation. Dans cet exposé, nous présentons un modèle pour les boucles R basé sur des grammaires formelles, qui sont des systèmes de génération de mots largement utilisés en biologie moléculaire. Nous discutons ensuite des approches permettant de développer un modèle probabiliste pour la prédiction des boucles R et un modèle de polymères en treillis pour étudier la géométrie et la topologie des boucles R.
Date and Time
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Langue de la présentation orale
Anglais
Langue des supports visuels
Anglais