Le modèle cas-parents, dans lequel un enfant atteint et ses parents sont génotypés, permet d'estimer le risque de maladie dû aux gènes de l'enfant et de la mère par le biais de modèles log-linéaires.  Cette modélisation est robuste aux effets confondants de la subdivision de la population, mais ne peut pas tenir compte de la non-échangeabilité des génotypes parentaux.  On peut également estimer des facteurs tels que les interactions gène-environnement et l'empreinte, où le risque dépend du parent qui a contribué au facteur génétique.  Les logiciels analytiques existants sont soit obsolètes (LEM), soit incapables de modéliser tous les facteurs simultanément (Haplin, EMIM).  Nous présentons TriLLIEM, une librarie R implementant l'approche log-linéaire pour répondre à ces limitations. Le logiciel comprend des options pour le gène par environnement, l'empreinte par environnement et les génotypes parentaux non échangeables si les parents des contrôles sont également disponibles.  Nous utilisons ces caractéristiques dans une étude de simulation pour analyser comment la stratification de la population affecte l'empreinte par les interactions avec l'environnement.