Gene-Gene Associations in Chronic Obstructive Pulmonary Disease: Insights from Gene Network Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data
Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) is a leading cause of mortality and disability, with genetic factors playing a crucial role. Gene-gene relationships influence disease progression. By analyzing differences in gene associations between COPD patients and healthy controls, we aim to identify key changes linked to COPD. We apply the Peeling Algorithm (PA), a core decomposition method for network analysis, to examine gene-gene association changes in four cell types: cMonocyte, ncMonocyte, Macrophage, and Macrophage Alveolar, using data from the NCBI Gene Expression Omnibus (GEO). Multiple dissimilarity measures assess gene relationships, and PA with varying thresholds identifies significant differences. Finally, gene set enrichment analysis reveals pathways potentially linked to COPD.
Associations gène-gène dans la maladie pulmonaire obstructive chronique : analyse des réseaux de gènes à partir des données RNA-Seq sur une cellule
La bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) est une cause majeure de mortalité et d'invalidité, avec des facteurs génétiques jouant un rôle crucial. Les relations gène-gène influencent la progression de la maladie. En analysant les différences dans les associations de gènes entre les patients atteints de BPCO et les témoins sains, nous visons à identifier les changements clés liés à la BPCO. Nous appliquons l'algorithme d'épluchage, une méthode de décomposition de base pour l'analyse des réseaux, afin d'examiner les changements d'association gène-gène dans quatre types de cellules : cMonocyte, ncMonocyte, Macrophage et Macrophage Alvéolaire, en utilisant des données du NCBI Gene Expression Omnibus (GEO). Des multiples mesures de dissimilarité permettent d'évaluer les relations entre les gènes, et l'algorithme d'épluchage avec différents seuils identifie des différences significatives. Enfin, l'analyse de l'enrichissement des ensembles de gènes révèle les sous-ensembles potentiellement liés à la BPCO.
Date and Time
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Langue de la présentation orale
Anglais
Langue des supports visuels
Anglais