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Estimating the Basic Reproduction Number and the Serial Interval at the beginning of an Outbreak
At the beginning of an infectious disease outbreak, the estimation of the basic reproduction number (R0) is sought out in an expedited manner due to its link to effective public health control programming. R0 is defined as the total number of secondary infections made by an initial infected when introduced into a totally susceptible population. We have developed an open-source web tool using RShiny which implements some popular estimators of R0 and outputs the results in an easy-to-read interface, which we present. For the majority of estimators included, it is assumed that the serial interval (SI) is known, that is, the time that an infected individual becomes symptomatic, to the time when a person infected by the infector becomes symptomatic. For the Sequential Bayes estimator of R0, we propose an extension to jointly estimate R0 and the SI. We present a comprehensive set of simulation studies to demonstrate the performance of this joint estimator.
Estimation du nombre de reproduction de base et de l'intervalle sériel au début d'une épidémie
Au début d'une épidémie de maladie infectieuse, on recherche rapidement l'estimation du nombre de reproduction de base (R0) puisque celui-ci contribue à un programme efficace de contrôle de la santé publique. Le R0 est défini comme le nombre total d'infections secondaires provoquées par une infection initiale lorsqu'elle est introduite dans une population totalement à risque. Nous avons développé un outil web open-source utilisant RShiny qui met en œuvre certains estimateurs populaires de R0 et fournit les résultats dans une interface facile à lire, que nous présentons. Pour la majorité des estimateurs inclus, on suppose que l'intervalle sériel (IS), défini comme le temps entre le moment où un individu infecté devient symptomatique et le moment où une personne infectée par l'infecteur devient symptomatique, est connu, c'est-à-dire. Pour l'estimateur séquentiel de Bayes de R0, nous proposons une extension permettant d'estimer conjointement R0 et l'IS. Nous présentons un large ensemble d'études de simulation pour démontrer la performance de cet estimateur conjoint.
Date and Time
-
Co-auteurs (non y compris vous-même)
Hanna Jankowski
York University
Jane Heffernan
York University
Sawitree Boonpatcharanon
York University
Langue de la présentation orale
Anglais
Langue des supports visuels
Anglais

Speaker

Edit Name Primary Affiliation
Tatiana Krikella York University