From Wastewater to Infection Estimates: Incident COVID-19 Infections and the Omicron Variant in the U.S.
Reconstructing the course of the pandemic by tracking infections is crucial for accurately assessing disease burden and characterizing transmission dynamics. We propose a data-driven approach to retrospectively estimate daily COVID-19 infections in U.S. states for the Omicron era, extending to the end of case reporting. Within a flexible framework that utilizes both seroprevalence and wastewater data, we also address rising reinfections by incorporating publicly available reinfection data to improve infection estimates during the Delta-Omicron transition period. These refined estimates, along with wastewater concentration data adjusted for limited coverage, are used to calculate shedding ratios, which inform daily infection estimates going forward. Finally, we derive key epidemiological quantities such as effective reproduction numbers and growth rates to track transmission dynamics and short-term changes in infection patterns for each state.
Eaux usées et estimations d'infections : infections incidentes par la COVID-19 et la variante Omicron aux États-Unis
Il est essentiel de reconstituer l'évolution de la pandémie en suivant les infections pour évaluer avec précision la charge de morbidité et caractériser la dynamique de la transmission. Nous proposons une approche fondée sur les données pour estimer rétrospectivement les infections quotidiennes par COVID-19 dans les États américains pendant l'ère Omicron, jusqu'à la fin de la déclaration des cas. Dans un cadre flexible qui utilise à la fois la séroprévalence et les données sur les eaux usées, nous abordons également les réinfections croissantes en incorporant des données de réinfection accessibles au public afin d'améliorer les estimations des infections pendant la période de transition Delta-Omicron. Ces estimations affinées, ainsi que les données sur la concentration des eaux usées ajustées pour tenir compte de la couverture limitée, sont utilisées pour calculer les ratios d'excrétion, qui informent les estimations quotidiennes d'infection à venir. Enfin, nous dérivons des quantités épidémiologiques clés telles que les nombres de reproductions efficaces et les taux de croissance pour suivre la dynamique de la transmission et les changements à court terme dans les schémas d'infection pour chaque État.
Session
Date and Time
-
Langue de la présentation orale
Anglais
Langue des supports visuels
Anglais