Les études de capture-recapture à deux échantillons, souvent utilisées dans la littérature sur l'épidémiologie et l'écologie de la faune, reposent principalement sur l’estimateur de Lincoln-Petersen en ce qui concerne l'analyse. Nous décrivons l’utilisation de l’estimateur de Lincoln-Petersen et de deux autres méthodes de population fermée pour analyser les données d’une étude à deux échantillons à l’aide de techniques de capture-recapture : la méthode de vraisemblance conditionnelle de Huggins et la méthode de vraisemblance de Pledger avec des mélanges. Ces méthodes permettent de modéliser les probabilités de capture en fonction du temps, du comportement, de l’hétérogénéité individuelle ou de l'intégration de covariables individuelles. Une étude de simulation approfondie est réalisée pour quantifier les effets d’une erreur de spécification du modèle d’estimation de la taille de la population, ainsi que la capacité du critère d’information d’Akaike (AIC) à effectuer une sélection de modèles lorsque les probabilités de capture varient en fonction du temps, de la réponse comportementale ou de l’appartenance à un groupe caché. Nous avons constaté que les modèles ne sont pas robustes aux erreurs de spécification et que l’AIC ne permet pas de sélectionner le bon modèle avec deux occasions de capture.