Introduction : Les essais observationnels maîtres (MOT) sont un nouveau type d'étude de cohorte longitudinale qui inclut des essais au sein d'une cohorte (TwiC) pour évaluer de nouveaux traitements. Les nouveaux traitements administrés dans les TwiC brouillent l'estimation des trajectoires des résultats des patients dans les MOT. Nous évaluons quatre stratégies analytiques pour estimer les effets temporels dans les MOT avec TwiC. Méthodes : Nous simulons des MOT longitudinaux avec TwiC à l'aide de modèles linéaires à effets mixtes. Nous comparons le biais, l'erreur quadratique moyenne et la puissance des stratégies analytiques dans différents scénarios en faisant varier la taille de l'effet, la taille de l'échantillon, la répartition et le nombre de TwiC. Résultats : Les mesures d'évaluation sont insensibles au nombre et à l'ampleur des effets des TwiC, mais diminuent lorsque la taille des échantillons augmente et la répartition est inégale. Le modèle complet ajustant les effets TwiC variables dans le temps présente l'erreur quadratique moyenne la plus faible et la puissance la plus élevée; le modèle sans ajustement est biaisé. Dans les MOT avec TwiC, les modèles qui tiennent compte des effets TwiC permettent d'estimer de manière plus fiable les trajectoires des résultats.